Фамилия Хабиббулин — яркий пример того, как русская модель образования фамилий наложилась на арабское по происхождению имя. Её основа — мужское имя Хабиббулла, которое в переводе с арабского означает «любимец Аллаха» (хабиб — «любимый, друг» + Аллах — «Бог»). Имя это широко распространено в мусульманских культурах, особенно у татар, башкир и народов Кавказа, откуда, скорее всего, и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хабиббулин буквально значит «сын Хабиббуллы» или «из рода Хабиббуллы». Типичная русская патронимическая модель, когда к восточному имени добавили стандартный для фамилий суффикс. Такой же способ словообразования мы видим в фамилиях Абдуллин, Каримуллин, Гайнуллин.

В документах фамилия могла встречаться в разных вариантах написания: Хабибуллин, Хабиббулин, а иногда и с одной буквой «б» — Хабибулин. Двойная «б» в корне точнее передаёт арабское написание, но на практике в записях XIX–XX веков нередко путали количество согласных. Это не ошибка, а особенность бытования фамилии в русскоязычной среде, где двойные буквы в заимствованных именах часто упрощали.

Носители фамилии Хабиббулин — это потомки людей, носивших имя Хабиббулла. Скорее всего, предки были крещёными или некрещёными татарами, башкирами, возможно, выходцами из Средней Азии. Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству: её могли носить крестьяне, мещане, торговцы. Встречается она в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и других регионах с татарским и башкирским населением.

Сравните с однокоренными фамилиями: Хабибуллин (та же основа, но с одной «б»), Хабибов (от краткой формы Хабиб). Разница в суффиксах — -ин и -ов — отражает региональные традиции оформления фамилий у разных народов: у татар чаще встречается -ин, у башкир — и -ов, и -ин.