Фамилия Хабибуллаев образована от восточного мужского имени Хабибуллай, которое восходит к двум основам арабского происхождения: Хабиб - «любимый, друг» и Улла - «Аллах». Таким образом, имя Хабибуллай означает «друг Аллаха». Компонент -ай представляет собой тюркский суффикс со значением обращения, призыва. Суффикс -ай нередко используется при образовании мусульманских имён.