Фамилия Хабибуллаева образована от восточного мужского имени Хабибуллай, которое восходит к двум основам арабского происхождения: Хабиб - «любимый, друг» и Улла - «Аллах». Таким образом, имя Хабибуллай означает «друг Аллаха». Компонент -ай представляет собой тюркский суффикс со значением обращения, призыва. Суффикс -ай нередко используется при образовании мусульманских имён. К известным представителям данной фамилии относится Зухур Нурджанович Хабибуллаев (родился в 1932 году)- советский живописец, заслуженный деятель искусств Таджикской ССР (1967). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Хабибуллаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.