Фамилия Хадырнабиев — редкий пример фамилии, образованной от сложного арабо-мусульманского имени, которое в русской записи сохранило почти полную исходную форму. Её основа — имя Хадырнаби, где первая часть «Хадыр» (Хыдыр, Хизр) восходит к арабскому аль-Хидр — так в исламской традиции называют таинственного бессмертного праведника, спутника Мусы (Моисея), покровителя путешественников и моряков. Вторая часть — «наби» (араб. «пророк»). Таким образом, в целом имя можно истолковать как «пророк Хидр» или «Хидр-пророк», хотя в бытовой традиции оно могло осмысляться как составное благопожелание, соединяющее два сакральных понятия.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й»: Хадырнаби -> Хадырнабиев. Это типичный способ адаптации восточных имён в русской среде, особенно среди тюркских и кавказских народов, исповедующих ислам. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Хадырнаби».

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, прежде всего к Дагестану. Там имя Хыдыр (Хадыр) и его производные встречаются у кумыков, лезгин, аварцев и других народов. Форма «Хадырнаби» характерна для кумыкской антропонимии, где нередки двусоставные имена с компонентом «наби» (ср. Абдулнаби, Магомеднаби). Носители фамилии — потомки человека, которого в семье или общине знали под этим именем; скорее всего, он жил не ранее второй половины XIX века, когда у горцев начали массово закрепляться наследственные фамилии.

С точки зрения словообразования примечательно, что фамилия не подверглась усечению или стяжению, как часто бывает с длинными восточными именами (ср. Хидиров из Хидир, а не Хидирнабиев). Это говорит о том, что имя Хадырнаби воспринималось как единое целое, а не как два самостоятельных слова. В русском языке фамилия склоняется по правилам мужских фамилий на -ев, но в быту у самих носителей может встречаться и несклоняемый вариант, особенно в устной речи.

По социальному происхождению Хадырнабиевы — скорее всего, потомки свободных горцев-узденей или крестьян, а не знатных княжеских родов: сложные имена с религиозным оттенком были распространены во всех слоях, но фамилии на -ев/-ов у тюркских народов чаще фиксировали рядовых общинников, а не титулованную верхушку. Точных исторических данных о конкретном лице, от которого пошла фамилия, нет, и вряд ли появятся — слишком узок круг письменных источников по дагестанским селениям XIX века.