Фамилия Хакуновы происходит от личного имени Хакун, которое бытовало у адыгов. В основе имени лежит нарицательное «хакун» — диалектный вариант слова «хакан», означавшего «хан, повелитель, господин». Изначально хакан — это царский титул, возникший в северо-восточной Азии у тюркских народов. Самое раннее упоминание термина находим в орхонских памятниках древнетюркской письменности. Позже титул использовали и монгольские императоры, а в Византии о нем узнали уже в VI веке. Широко применялся он и у хазар. Со временем громоздкое «хакан» сократилось до всем известного «хан», но в адыгейской среде сохранился и более архаичный вариант, который и закрепился в имени.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Хакун добавили патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. То есть Хакунов — это буквально «сын Хакуна», а его потомки уже стали Хакуновыми. Такая словообразовательная схема типична для фамилий, которые складывались у народов Кавказа при взаимодействии с русской административной традицией в XIX — начале XX века.

Интересно, что имя Хакун в адыгейской среде не было случайным прозвищем, а несло в себе пожелание величия и власти. Называя сына таким именем, родители словно проецировали на него силу древнего титула. В этом смысле фамилия Хакуновы — не просто родовое именование, а отголосок целого пласта степной и кавказской истории, где переплелись тюркские, монгольские и местные традиции.

Сегодня фамилия Хакуновы встречается преимущественно в регионах Северного Кавказа, а также в местах, куда переселялись адыги в более позднее время. В написании фамилия устойчива, хотя в документах XIX века можно встретить варианты вроде Хакуновъ с твердым знаком на конце — это обычная особенность старой орфографии.

Стоит отличать эту фамилию от внешне похожих, например Хакунов или Хакунов, которые могут иметь другую природу происхождения. В случае с Хакуновыми связь с адыгским именем Хакун прослеживается наиболее прямо и не вызывает споров у исследователей.