Фамилия Хакунова образована от адыгейского имени Хакун. Оно восходит к существительному «хакун», которое представляет собой диалектный вариант существительного «хакан», означающего «хан, повелитель, господин». Хакан - царский титул, появившийся в северо-восточной Азии у народов тюркского племени. Впервые этот термин встречается в орхонских памятниках. Титул хакан использовали и по отношению к монгольские императоры. На западе этот титул сделался известным в Византии в VI веке. Он также существовал у хазар и в целом пользовался широким распространением. Постепенно существительное «хакан» сократилось до «хан», которое имеет широкую известность. Таким образом, потомок человека, которого звали Хакун, со временем получил фамилию Хакунов. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Хакуновых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.