Фамилия Халдиниди — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение, и при этом довольно редкая для русского уха. Её основа — греческая фамилия Χαλδινίδης (Халдинидис), а окончание -иди (в русской передаче часто -иди) — это классический греческий патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». То есть Халдиниди буквально значит «сын Халдиниса» или «из рода Халдинисов». Такая модель образования фамилий характерна для понтийских греков, которые после событий начала XX века (геноцид, обмен населением) в большом числе оказались на юге России, в Грузии, на Украине и в Краснодарском крае.

Корень фамилии — Χαλδινός (Халдинос) или Χαλδίνης (Халдинис). Самая вероятная версия связывает его с топонимом Халдия (Χαλδία) — исторической областью на северо-востоке Малой Азии, на побережье Чёрного моря, с центром в Трапезунде. Жителей этой области называли халдами (халдины), и фамилия могла указывать на выходца именно оттуда. Вторая, менее распространённая гипотеза — от греческого слова χάλδινος (халдинос), то есть «медный» или «медного цвета», что могло быть прозвищем по цвету волос или кожи. Однако для понтийской среды топонимическая версия правдоподобнее: Халдия — хорошо известный регион, и фамилии, образованные от названий мест, там встречаются постоянно.

В русском контексте фамилия закрепилась в форме Халдиниди (реже Халдинидис) и не склоняется по падежам, как и другие греческие фамилии на -и. Носители фамилии в России и странах бывшего СССР — это, как правило, потомки греческих переселенцев конца XIX — начала XX века, осевших в Причерноморье и на Кубани. Встречается она редко, что делает её хорошим маркером для поиска семейной истории: если вы Халдиниди, с высокой вероятностью ваши предки были понтийскими греками из Трапезунда или окрестностей. Других версий — тюркской или кавказской — у этой фамилии нет, греческий суффикс и греческая основа слишком прозрачны.