Фамилия Халидуллин происходит от арабского мужского имени Халидулла, что переводится как «вечный Аллах». Это составное имя: первая часть «халид» означает «вечный, бессмертный», вторая — отсылка к Богу. В мусульманской традиции это один из эпитетов Али ибн Абу Талиба — двоюродного брата и зятя пророка Мухаммада, четвертого «праведного халифа», правившего в 656–661 годах.

Русская фамилия образована по стандартной модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин: от основы Халидулла добавляли окончание, указывающее на принадлежность роду. Так имя отца или основателя семьи становилось наследственным прозванием его потомков — «Халидуллины» буквально значит «дети Халидуллы». Аналогичным образом в русском языке от тюркских и арабских имен возникли фамилии Абдуллин, Гайнуллин, Валиуллин — все они следуют одному словообразовательному шаблону.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда в Русском государстве активно шло формирование фамилий у служилых людей восточного происхождения. Выходцы из Золотой Орды, от печенегов и половцев, оседая на русских землях, принимали православие или сохраняли веру, но в любом случае их имена попадали в официальные документы. Проникновению инонациональных основ в русские фамилии способствовал и тот факт, что многие дворяне в России по происхождению были нерусскими: татарская и арабская антропонимия оставила заметный след в родословных книгах.

Имя Халидулла в тюркской среде часто использовали как религиозное, данное в честь почитаемого предка или духовного авторитета. Поэтому носители фамилии вряд ли принадлежали к одному сословию: среди Халидуллиных могли быть и муллы, и торговцы, и служилые люди, и крестьяне. Географически фамилия чаще встречается в Поволжье и на Урале, в регионах с традиционно сильным татарским и башкирским населением, хотя отдельные ветви разошлись по всей России.

Сведения о восточном происхождении фамилии подтверждаются самим именем родоначальника — оно не могло возникнуть на русской почве, а пришло вместе с носителем или его потомками. В традиционном обществе имя отца служило главным маркером идентичности, и переход от личного имени к фамилии происходил естественно: сначала человека звали «Халидуллин сын», затем это закрепилось как родовое прозвание. Сегодня фамилия Халидуллин остается живым памятником восточной письменности и культуры, вплетенным в русскую ономастику.