Фамилия Халишхов — это не самостоятельный корень, а один из вариантов бытования фамилии Халишахова. Такие расхождения в окончаниях (-ов и -х(ов)) часто возникали при переносе имени в русскую документацию: писарь записывал фамилию на слух, а в разных говорах конечное «а» редуцировалось, отсюда и две формы.

Основа фамилии — личное имя Халишах, которое сложилось из двух арабских существительных. Первая часть, «хали», означает «украшение, ценность». Вторая — «шах», то есть «повелитель, монарх». Получается, что имя Халишах можно истолковать как «ценность повелителя». Такая модель имянаречения характерна для мусульманских культур: родители давали ребёнку имя-пожелание, подчёркивая его значимость для семьи или рода.

Существует и вторая, не менее правдоподобная версия. Имя Халишах могло возникнуть как сокращение от Халилшах. В этом случае перевод меняется: «халил» — «близкий друг», и всё имя означает «близкий друг шаха». Обе трактовки сходятся в одном: имя указывало на высокий статус, связь с властью или драгоценность носителя для окружающих.

Словообразовательная модель проста: к основе Халишах добавили русский патронимический суффикс -ов, что дало форму Халишахов. Затем, при стяжении и упрощении произношения, фамилия закрепилась как Халишхов — так она короче и удобнее для повседневной речи. Потомок человека по имени Халишах, таким образом, получал фамилию, которая буквально отвечала на вопрос «чей ты?» — из рода Халишаха.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, где арабские имена и их местные переработки широко распространены среди мусульманских народов. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но само имя с «шахом» в составе вряд ли давали простолюдину — скорее, это знак семьи с притязанием на уважение или родство с духовными лицами.