Фамилия Халяфутдинов — яркий пример того, как русский суффикс -ов «приручил» сложное арабское имя, превратив его в фамилию, привычную для уха жителя Татарстана или Башкортостана. В основе лежит мужское мусульманское имя Халифутдин (варианты: Халифетдин, Галифутдин), что в переводе с арабского означает «заместитель (наместник) веры». Корень «халиф» здесь — не правитель государства, а духовный преемник, «заместитель» на пути религии, а «дин» — вера. Таким образом, имя буквально обещало своему носителю роль хранителя или продолжателя исламских традиций.

Модель образования типична для тюрко-татарских фамилий, адаптированных в русской среде: к полному имени отца (в данном случае Халяфутдин) добавили русский патронимический суффикс -ов. Это означает, что первый носитель фамилии был сыном человека по имени Халяфутдин. Интересно, что в устной татарской речи имя нередко редуцировалось до формы «Халяф» или «Халиф», поэтому в некоторых документах XIX века можно встретить запись «Халяфов», но полная форма «Халяфутдинов» закрепилась как более книжная и официальная.

Географически фамилия густо сосредоточена в Волго-Уральском регионе: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у казанских татар, и у мишарей, и у башкир — все эти народы активно использовали арабские имена с компонентом «дин» вплоть до начала XX века. Сословно предки Халяфутдиновых — почти наверняка крестьяне или мещане из мусульманских общин, поскольку фамилии на -ов у татар стали массово фиксироваться лишь после ревизий XVIII–XIX веков, когда государству понадобился учёт податного населения.

С точки зрения ономастики, это «чистая» фамилия без дополнительных прозвищных или профессиональных наслоений: она прямо указывает на имя деда или отца. Споров о происхождении здесь нет — все лингвисты (от Никонова до современных татарских ономатологов) едины: Халяфутдинов — типичная мусульманская теофорная фамилия. Единственная возможная путаница — с написанием через «Г» (Галяфутдинов), что является диалектным вариантом того же имени, где начальный звук озвончается в говорах.