Фамилия Халафутдинов — редкий пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, закрепилось в русской фамильной модели. Её основа — мужское личное имя Халафутдин, которое состоит из двух арабских корней: «халаф» (преемник, потомок) и «дин» (вера, религия). В сумме имя означает «преемник веры» или «наследник религии». Это типичный для мусульманского мира теофорный антропоним, где второй компонент отсылает к исламу, а первый указывает на роль или качество человека.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе добавили суффикс -ов, который в тюркских фамилиях часто указывает на происхождение от отца или предка. То есть Халафутдинов буквально означает «сын Халафутдина». Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Халафутди́нов, хотя в бытовой речи возможны варианты.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир — Татарстан, Башкортостан, а также к некоторым районам Урала и Поволжья. Встречаемость крайне низкая, что делает фамилию почти уникальной для локального ареала. В дореволюционных метрических книгах и переписях она могла фиксироваться с разной орфографией: Халафутдинов, Халифутдинов, а иногда и без конечного -ов, как просто Халафутдин. Последний вариант — прямое указание на имя, без русификации.

Сословная принадлежность предков-носителей фамилии, скорее всего, не была единой. Среди татарских крестьян, мещан и купцов фамилии на -ов встречались повсеместно, но в случае с Халафутдиновыми нет оснований приписывать им исключительно дворянское или духовное происхождение. Это рядовая фамилия, возникшая в среде мусульманского населения Российской империи, где имя отца просто перешло в фамилию при официальной регистрации.