Фамилия Халфутдинова — тюркская по происхождению, и её разговор начинается не с корня, а с модели образования. Это женская форма от мужской фамилии Халфутдинов, которая, в свою очередь, построена по восточной традиции с помощью русского патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Халфутдина». Основой послужило арабское личное имя Халфутдин, что в переводе означает «преемник веры» (от «халиф» — заместитель, наследник, и «дин» — вера, религия). Имя было популярно среди татар и башкир, особенно в среде мусульманского духовенства, где подчёркивалась преемственность религиозных знаний.

Интересная деталь, которая редко встречается в статьях про эту фамилию: в некоторых татарских говорах имя могло произноситься с твёрдым «х» и редуцированным гласным — ближе к «Халфутдин», а фамилия на письме иногда фиксировалась как Халфутдинова. Встречается и вариант Халфетдинова — это фонетическое изменение, когда второй гласный «у» заменяется на «е» под влиянием местного произношения. Оба варианта — однокоренные, но Халфутдинов/а — основной и более частый.

Географически фамилия привязана к регионам Поволжья и Приуралья: Татарстан, Башкортостан, а также соседние области — Оренбургская, Челябинская, Самарская. Встречается и у сибирских татар. Поскольку имя Халфутдин было религиозным, предки носительницы фамилии могли быть муллами, учителями при медресе или просто верующими, получившими имя в честь уважаемого духовного лица. Сословный состав — в основном крестьяне и мещане, реже купцы, так как в XIX веке татарские фамилии на -ов/ин не были прерогативой только дворянства, а фиксировались у всех податных сословий при переписях.

В отличие от фамилий, образованных от бытовых прозвищ или профессий (например, Кузнецов или Сорокин), Халфутдинова — «именная» фамилия: она прямо отсылает к антропониму, а не к роду занятий. Это роднит её с такими однокоренными фамилиями, как Халиков (от Халик — «творец») или Халфин (от «халиф»). Единственная спорная версия — иногда имя возводят к арабскому «халифа» (наместник), но лингвистически форма Халфутдин точнее: это сложение двух корней с соединительным «у», а не прямое заимствование.