Фамилия Хаменя — относительно редкая, и её происхождение стоит искать не в географическом названии или имени святых, а в прозвище. Скорее всего, в её основе лежит диалектное слово «хамень», которое в русских говорах (особенно северных и сибирских) означало «нахал», «наглец», «бесстыжий человек». Слово это происходит от глагола «хамить» — вести себя дерзко, грубо. Соответственно, Хаменя — это человек, получивший такое прозвище за свой характер: либо задиристый и неуживчивый, либо, напротив, прямолинейный до резкости.

Модель образования здесь характерна для восточнославянских фамилий: суффикс -я (как в фамилиях Тишеня, Воробья, Гуля) указывает на принадлежность или качество. В белорусском и украинском ономастиконе такой суффикс очень распространён, и фамилия Хаменя с высокой вероятностью имеет западнорусские или белорусские корни. В польском языке есть однокоренное слово «cham» (хам, грубиян), что также могло повлиять на прозвище в регионах, граничащих с Польшей. Таким образом, фамилия Хаменя — не от имени, а от характеристики: предок был человеком с крутым нравом, которого в округе прозвали «хаменя» (то есть хамоватый, грубый).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «хаметь» (терять сознание, цепенеть) или «хам» в значении «глупый, неотёсанный человек». В любом случае, основа остаётся прозвищной, а не церковной или профессиональной. Фамилия не имеет отношения к дворянским или боярским родам — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в бытовой среде. Встречается она сегодня в основном в Беларуси, на Смоленщине и в западных областях России, что подтверждает её региональную привязку к зоне смешения белорусских и великорусских говоров.