Фамилия Хамышкин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все другие версии происхождения. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от прозвищ или крестильных имён, эта напрямую указывает на место жительства предка: посёлок Хамышки в Республике Адыгея. Человек, получивший фамилию Хамышкин, скорее всего, был выходцем из этого населённого пункта или его окрестностей.

Разберём словообразовательную модель. Формант -ин — один из самых распространённых в русской ономастике, он указывает на принадлежность: «чей?» — хамышкин, то есть «сын человека из Хамышек». Суффикс -к- в топониме «Хамышки» типичен для названий небольших поселений на юге России (сравните: Хамышки, Камышки, Гуляй-Поле). Основа хамыш- восходит к тюркскому слову «камыш» (тростник, камыш). В адыгейской и кубанской топонимике немало названий, связанных с растительностью: река Камышеваха, посёлок Камышеватская. Со временем «Камышки» могло через аканье (произношение «а» вместо «о») или местный говор перейти в «Хамышки» — замена глухого «к» на звонкий «х» в начале слова нередка в южнорусских говорах под влиянием горских языков.

Версия о происхождении от прозвища «Хамыш» (например, от диалектного «хамыш» — задира, буян) менее состоятельна. Во-первых, такое прозвище не зафиксировано ни в одном словаре русских прозвищ (Веселовский, Тупиков). Во-вторых, фамилии на -ин от прозвищ на -ыш встречаются, но обычно не с таким начальным «хам-» (сравните: Малыш — Малышкин, Голыш — Голышкин). А вот топонимическая модель «название села + -ин» работает безотказно: Москвин, Тверитин, Рязанцев — по тому же принципу, что и Хамышкин.

Социальный контекст здесь прост: носитель фамилии — потомок крестьянина или казака из станицы Хамышкинской (основана в 1862 году, ныне посёлок). Фамилия недворянская, не книжная, а бытовая, возникшая в среде, где человека определяли по месту рождения: «откуда он? Из Хамышек. Значит, Хамышкин». Встречается она преимущественно на юге России — в Краснодарском крае, Адыгее, Ростовской области. За пределами этих регионов фамилия редка, что только подтверждает её локальный корень.