Фамилия Хамзатханов образована от мужского тюркского имени Хамзатхан. Первая из них восходит к имени Хамзат, которое в переводе с арабского означает «проворный». Вторая часть ведет свое начало от древнетюркского «хан» - «правитель, повелитель». Таким образом, буквально имя Хамзатхан переводится как «проворный правитель». Таким образом, потомок человека, которого звали Хамзатхан, со временем получил фамилию Хамзатханов.