Фамилия Ханахян — армянская, и её разбор стоит начать не с корня, а с типичного для армянских фамилий суффикса -ян. В Армении и диаспоре этот суффикс указывает на принадлежность к роду, на происхождение от предка, чьё имя или прозвище легло в основу. В русской традиции такие фамилии не склоняются, и Ханахян — не исключение.

Основа «Ханах» — это, скорее всего, вариант армянского личного имени или прозвища. Точное значение зависит от диалекта. Одна из версий связывает корень с тюркским «хан» — титул правителя, который проник в армянскую ономастику через многовековые контакты. «Ханах» могло означать «маленький хан» или «ханский», то есть либо прозвище властного человека, либо указание на службу у хана. Другая версия — от армянского «ханах» (гостиница, постоялый двор), что могло быть прозвищем содержателя такого заведения. Но первая версия распространённее: в армянских фамилиях часто встречаются элементы, восходящие к титулам и званиям.

Суффикс -ян (в западном варианте -янц) — древнейший способ образования фамилий в Армении, аналогичный русскому -ов/-ев. Он означает «из рода такого-то», поэтому Ханахян — это «из рода Ханаха». Фамилия не обязательно указывает на дворянское происхождение: титульные основы могли давать и простым людям, получившим прозвище за характер или внешность.

Географически фамилия Ханахян встречается чаще в Западной Армении (исторические области, ныне на востоке Турции) и среди потомков армян, переживших геноцид 1915 года. В современной России и странах СНГ её носители — в основном армянская диаспора, переселившаяся в XX веке.

Сравнение с однокоренными фамилиями, например, Ханан, Ханаян, показывает, что корень «хан» — устойчивый элемент армянской фамильной системы. Но Ханахян выделяется формой: двойной суффиксальный элемент «ах» перед -ян встречается реже, что делает фамилию узнаваемой. Если ваш предок носил её, скорее всего, он был уроженцем исторической Армении, а прозвище могло отражать либо характер, либо род занятий, связанный с властью или гостеприимством.