Фамилия Ханагян — яркий пример армянской модели фамилии, которая сразу указывает на происхождение своего носителя. Её основа — имя или прозвище Ханаг, а суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает «принадлежащий к роду» или «потомок». Если у русских фамилии часто заканчиваются на -ов или -ин, то у армян -ян выполняет ту же роль: Ханагян буквально значит «из рода Ханага».

Сама основа Ханаг — скорее всего, тюркского происхождения, что неудивительно для Армении, веками соседствовавшей с тюркоязычными народами. Слово «хан» в тюркских языках — это титул правителя или военачальника. Суффикс -аг мог образовывать уменьшительную или прозвищную форму, так что Ханаг — это «маленький хан» или «ханёнок». Вряд ли предок носителя фамилии был реальным ханом — скорее, это прозвище, данное за властный характер, внешнее сходство или в шутку. В армянской среде такие «титульные» прозвища встречались нередко: например, фамилии Пашинян (от «паша») или Султанян.

Географически фамилия Ханагян распространена преимущественно в Армении и среди армянской диаспоры. Конкретный регион внутри Армении (скажем, Сюник или Араратская долина) по фамилии не определяется без дополнительных генеалогических данных. В России и странах бывшего СССР фамилия встречается в армянских общинах, но не входит в число массовых.

Интересная деталь: в армянском языке есть слово «ханаг» (խանագ), которое в разговорной речи могло означать не только «хан», но и «хозяин», «господин» — то есть прозвище могло относиться к зажиточному или уважаемому человеку. Возможно, предок был не воином, а состоятельным торговцем или землевладельцем, которого в округе называли «наш хан». Социальный статус носителей фамилии исторически мог быть разным — от крестьян до купцов, но точных данных о сословной принадлежности нет.

Если сравнивать с однокоренными армянскими фамилиями, то Ханагян стоит в одном ряду с Хананяном (от «хан» + «ан»), Хандамяном (от «хан» + «дам» — «дом»). Но суффикс -аг делает Ханагян более редкой и специфической формой — она не так распространена, как простые «ханские» фамилии. В итоге фамилия Ханагян несёт в себе следы межкультурного влияния: армянская основа с тюркским корнем, но оформленная по чисто армянской модели.