Фамилия Хандохова — женская форма фамилии Хандохов, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Хандохов — потомок человека по прозвищу или имени Хандох.

Самая вероятная версия связывает основу «Хандох-» с тюркским именем Хандох (или Хан-дох). В тюркских языках «хан» означает «правитель, владыка», а «дох» (в разных диалектах) может переводиться как «рождённый» или «сын». Таким образом, Хандох — это «рождённый ханом» или «сын хана». Имя могло быть дано как знатный титул, но чаще оно выполняло роль личного имени-пожелания: родители желали ребёнку власти и удачи. Подобные составные имена (Ханмурат, Хансултан) встречаются у многих тюркских народов — татар, башкир, ногайцев.

Менее убедительна, но встречается в народной этимологии версия о связи с диалектным русским словом «ханды́га» — так в некоторых говорах называли пьяницу или гуляку. Однако в фамилии Хандохова нет характерного для таких прозвищ суффикса -иг- или -ыг-, а переход «ы» в «о» маловероятен. Поэтому тюркское происхождение выглядит гораздо правдоподобнее.

Географически фамилия Хандоховы встречается в регионах с историческим тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале, а также среди казаков. Это указывает на то, что предки носителей фамилии могли быть крещёными татарами или башкирами, либо русскими, взявшими прозвище от соседей-тюрков. Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию записывали как «Хандахов» — через «а» в первом слоге, что может отражать особенности местного произношения или диалектные колебания гласных.

Таким образом, фамилия Хандохова восходит к имени-титулу Хандох и рассказывает о восточных корнях рода. Её носительницы — потомки человека, которого когда-то назвали «ханским сыном».