Фамилия Хандохина, вероятно, представляет фонетический вариант фамилии Хандогина, которая восходит к прозвищу Хандога. Западнославянское слово «хандога» означает «опрятный, чистоплотный человек». Таким образом, можно предположить, что прозвище Хандога указывает на особенности внешности и поведения предка: основатель рода Хандохиных, вероятно, отличался любовью к чистоте и аккуратности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хпндога, со временем получил фамилию Хандохина.