Фамилия Ханипова образована от мужского мусульманского имени Ханип — фонетического варианта более древнего имени Ханиф. В переводе с арабского оно означает «прямодушный, любящий правду, истину». Родители, называя так сына, вкладывали в имя надежду на то, что он вырастет честным, уважаемым человеком и достойным мусульманином.

Имя Ханиф в арабской традиции восходит к доисламскому понятию «ханиф» — так называли человека, который, ещё до прихода пророка Мухаммада, исповедовал единобожие, отвергая язычество. Со временем слово закрепилось в мусульманской культуре как обозначение правдивого и искреннего в вере человека. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, звук «ф» часто заменялся на «п» в заимствованных арабских именах, поэтому Ханиф превратился в Ханипа. Это же явление мы видим в парах имён Сафия — Сапия, Якуф — Якуп.

Фамилия Ханипова принадлежит к самой распространённой модели русских и тюркских фамилий — притяжательной форме с суффиксом -ов/-ев. Изначально такая фамилия отвечала на вопрос «чей ты?» и означала «сын Ханипа», «из рода Ханипа». Женская форма Ханипова — это грамматическая особенность русского языка, которая закрепилась за дочерьми и жёнами носителей фамилии Ханипов.

Процесс формирования фамилий у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала был долгим и неравномерным. В среде городского купечества и духовенства фамилии появились уже в XVIII веке, а сельские жители, особенно в отдалённых районах, получали их массово лишь после переписей XIX — начала XX века. Поэтому точно сказать, где и когда возник род Ханиповых, можно только через генеалогические исследования — изучение метрических книг, ревизских сказок и подворных переписей.