Фамилия Ханяфиев — яркий пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, превратилось в русскую фамилию. В её основе лежит мужское имя Ханяфи (или Ганифа), которое восходит к арабскому «ханиф» — «правоверный», «истинно верующий», «склоняющийся к единобожию». В исламской традиции ханифами называли тех, кто исповедовал чистую веру в единого Бога ещё до пророка Мухаммеда, а также последователей одного из четырёх суннитских мазхабов — ханафитского. Таким образом, имя Ханяфи могло указывать на принадлежность к ханафитскому толку или просто на глубокую религиозность.

Модель образования фамилии — типично русская, с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или гласный (в данном случае на -и). В русской традиции фамилии на -ев, как и на -ов, означали «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». То есть Ханяфиев буквально — «сын Ханяфи». Распространение фамилии в первую очередь связано с народами Поволжья и Урала — татарами и башкирами, у которых арабские имена, прошедшие через тюркскую фонетику, стали привычными. Встречается она и у представителей других мусульманских народов России, например у чеченцев или ингушей, но с меньшей частотой.

Примечательна вариативность написания. Встречаются формы Ханифиев, Ханафиев и даже Ганифаев. Это объясняется разной передачей арабской буквы «ха» (ح) и нестабильностью гласных в тюркских языках. В русских документах фамилия закрепилась в форме Ханяфиев, но в быту и в разных регионах можно услышать и другие варианты. С точки зрения социального происхождения, фамилия не несёт сословной окраски — её могли получить и муллы, и крестьяне, и купцы. Единственное, что объединяет носителей, — это почти наверняка мусульманское вероисповедание предков и связь с тюрко-татарской культурой.