Фамилия Ханяфин почти наверняка — вариант более распространённой фамилии Ханафин. Разница в написании объясняется просто: в русском языке безударный первый гласный звучит одинаково, поэтому «а» и «я» на письме путали. Смысл от этого не меняется, и разбирать нужно общую основу.

В её основе лежит арабское имя Ханафи. В буквальном переводе оно означает «последователь суннитской религиозно-правовой школы ханафитов». Школу эту, один из четырёх мазхабов суннитского ислама, создал богослов Абу Ханифа (около 699–767). Его система опиралась на два важных понятия: «райя» — личное мнение, основанное на здравом смысле, и «кыяс» — суждение по аналогии. Ученики Абу Ханифы распространили учение на востоке — в Хорасане и Мавераннахре, где с IX–X веков оно развивалось уже с учётом местных условий.

Влияние ханафитской школы было широким: её признавали в Магрибе и даже на Сицилии. После падения Аббасидского халифата значение учения уменьшилось, но его поддержали Сельджукиды, а позже — султаны Османской империи. Там ханафитский мазхаб провозгласили государственным: все кади и муфтии обязаны были выносить решения строго в его рамках.

Имя Ханафи родители давали сыну с понятным пожеланием: чтобы он вырос достойным мусульманином и продолжателем идей Абу Ханифы. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ханяфин — «сын Ханафи», «из рода Ханафи». Модель образования типична для русских фамилий, но основа здесь не славянская, а тюрко-арабская.

История появления таких фамилий в России связана с выходцами из восточных земель. Они служили в русской армии, принимали православие, женились на русских и через несколько поколений полностью «обрусевали». От иноязычного прошлого оставалась лишь основа фамилии — как в случае с Ханяфиным. Сословной принадлежности по фамилии не определить: её могли носить и потомки служилых людей, и выходцы из торговой среды.