Фамилия Ханяфина, с высокой долей вероятности, представляет собой вариант более распространенной фамилии Ханафин. Чтобы понять ее происхождение, нужно разобраться в основе, которая восходит к арабскому религиозному имени Ханафи. В буквальном переводе оно означает «последователь суннитской религиозно-правовой школы ханафитов» — одного из четырех канонических мазхабов (учений) в исламе.

Эта школа обязана своим появлением имаму Абу Ханифе (около 699—767), выдающемуся богослову и правоведу. Именно его система легла в основу целого направления, которое отличалось особым подходом к вынесению решений. Ключевыми понятиями ханафитского мазхаба стали «райя» — личное мнение, основанное на здравом смысле, и «кыяс» — суждение по аналогии с уже известными случаями. Такая гибкость позволила учению быстро распространиться далеко за пределы первоначального ареала.

Ученики Абу Ханифы донесли его идеи до Хорасана и Мавераннахра, где уже в IX—X веках учение получило дальнейшее развитие с учетом местных условий. Влияние школы ощущалось даже в далеком Магрибе и на Сицилии. После падения Аббасидского халифата значение ханафитской школы временно уменьшилось, но ее поддержали Сельджукиды — тюркская династия, а позднее и султаны Османской империи. Именно там ханафитский мазхаб провозгласили государственным учением, и все кади (судьи) и муфтии обязаны были выносить заключения в соответствии с ним.

Имя Ханафи, таким образом, несло в себе мощный смысловой заряд. Нарекая ребенка таким именем, родители желали ему вырасти достойным мусульманином, продолжателем идей Абу Ханифы. Это объясняет, почему имя, а затем и фамилия, закрепились в тех регионах, где влияние ханафитской школы было особенно сильным — в Поволжье, на Урале и в Средней Азии.

Сам же процесс появления фамилии у носителей имени Ханафи типичен для многих тюркских и мусульманских народов России. Присоединение русского патронимического суффикса -ин к основе Ханяфи (где «я» — результат адаптации имени под русскую фонетику) дало фамилию Ханяфин. Женская форма Ханяфина образована по той же модели.

История рода часто связана со службой. Известно, что выходцы из татарских и башкирских семей нередко служили в русской армии, принимали крещение, женились на русских и через несколько поколений полностью «обрусевали». При этом иноязычная основа фамилии оставалась неизменным напоминанием о их корнях. Процесс формирования фамилий был длительным, поэтому точно сказать о месте и времени возникновения конкретного рода Ханяфиных можно лишь в ходе глубоких генеалогических исследований.