Фамилия Харанфиль — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью совпадает с исходным иноязычным словом, не успевшим обрубеть под русские суффиксы. Она не заканчивается на типичные -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами, скорее всего, относительно позднее заимствование, которое попало в документы уже в фиксированном виде. Носителей такой фамилии в России единицы, и географически она тяготеет к южным регионам — можно предположить, что корни ведут в Закавказье или на Ближний Восток.

Основа «Харанфиль» прозрачно читается как арабское или персидское «харанфиль» — гвоздика (пряность). В тюркских языках, особенно в азербайджанском и турецком, слово «qərənfil» (гвоздика) звучит очень близко. Скорее всего, прозвище Харанфиль дали человеку, который торговал пряностями, выращивал гвоздику или, в переносном смысле, обладал острым, «жгучим» характером. Встречается и другой вариант: в некоторых тюркских диалектах так называли не только цветок, но и мелкий, яркий, броский предмет — возможна связь с прозвищем щёголя или человека, любившего яркую одежду.

Поскольку фамилия не прошла через русскую суффиксальную обработку, её носители, вероятно, происходят из семей, переселившихся в Российскую империю из Османской империи или Персии в XIX — начале XX века. Это могли быть армяне, греки-понтийцы или азербайджанцы, чью фамилию записали в метрические книги почти фонетически, без переделки на русский лад. В отличие от фамилий на -ов, которые указывают на отца, здесь мы видим прямое прозвище-характеристику, закрепившееся за родом.

В дореволюционных справочниках фамилия не встречается, что подтверждает её позднее появление и малочисленность. В советских паспортных столах её могли записать с искажениями — как Харанфильев или Харанфилов, но исходная форма устоялась. Сейчас Харанфиль — одна из тех фамилий, которые хранят в себе не столько родовое занятие, сколько вкус и запах восточного базара.