Фамилия Хардоян — редкий для русского уха случай армянской фамилии, которая не оканчивается на стандартные -ян/-янц. Здесь работает суффикс -оян, который встречается в армянской ономастике, но значительно реже, чем основной патронимический формант -ян. В суффиксе -оян обычно скрывается указание на принадлежность к роду через отчество, но с оттенком «тот, кто из» или «сын такого-то». Основа Хард- — ключ к происхождению.

Наиболее вероятное объяснение: корень восходит к армянскому слову «хард» (խարդ), которое в разных диалектах означает «хитрый», «лукавый» или «коварный». В средневековой Армении такое прозвище могли дать человеку с острым умом, склонному к уловкам, либо, наоборот, тому, кого считали недобросовестным в делах. В армянских говорах встречается и значение «трудный», «упрямый» — тогда прозвище могло характеризовать характер. Слово «хард» также связано с древнеармянским «хард» (խարդ) — «обман», «хитрость», что фиксируется в словарях классического армянского языка.

Есть и вторая версия, менее популярная, но лингвистически допустимая: связь с топонимом. В исторической Армении существовал гавар (область) Харк или местность Хард, откуда выходцы могли получить фамилию Хардоян — «из Харда». Однако такая версия слабее, так как суффикс -оян в топонимических фамилиях обычно присоединяется к названию места напрямую (как в фамилии Ванецян — из Вана), а форма Хардоян скорее указывает на личное имя или прозвище.

Фамилия Хардоян — не массовая. Она встречается в среде армян, переселившихся в Россию в XIX–XX веках, и в диаспорах. В армянской антропонимике фамилии на -оян (как и на -ян) не указывают на сословие — их носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Носитель фамилии Хардоян, скорее всего, потомок человека, получившего прозвище за характер или род занятий, а не за место жительства.