Фамилия Харханова происходит от имени Хархан. Оно представляет собой сочетание двух арабских слов: «хара/кара» со значением «черный, злой» и «хан», переводящегося как «повелитель, монарх». Скорее всего, имя Хархан относится к охранительным именованиям. Вероятно, родители нарекли младенца именем Харахан, желая ему быть справедливым, честным и восхваляемым окружающими, а также добиться ханской власти. Не исключено, что фамилия Харханова образована от прозвища Хархан, имеющего то же происхождение, что и имя. Вероятно, именование Хархан принадлежало господину, которого отличался грозным, суровым нравом. Таким образом, потомок человека, которого звали Хархан, со временем получил фамилию Харханов.