Фамилия Харханов — самобытный памятник восточной культуры, и её происхождение уходит корнями в арабскую и тюркскую традицию именования. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Хархан, которое представляет собой сочетание двух слов: «хара/кара» со значением «черный, злой» и «хан», переводящегося как «повелитель, монарх». Такая двухчастная модель типична для восточных имен, где к титулу или эпитету добавляли определение, усиливающее характеристику.

Скорее всего, имя Хархан относится к охранительным именованиям. В старину родители нередко давали детям имена с «отпугивающим» или, наоборот, величественным смыслом, чтобы уберечь ребёнка от сглаза и злых духов. Вероятно, нарекая младенца Хараханом, родители желали ему вырасти справедливым, честным и восхваляемым окружающими, а также добиться положения, сравнимого с ханской властью. Имя должно было стать своего рода оберегом и программой на успешную жизнь.

Не исключено, что фамилия Харханов образована не от имени, а от прозвища Хархан, имеющего то же происхождение. Прозвища на востоке часто прирастали к человеку за характер или поведение. Вероятно, именование Хархан принадлежало господину, которого отличал грозный, суровый нрав, — эдакому «черному хану», которого боялись и уважали подчинённые. В этом случае прозвище отражало не пожелание, а реальную черту личности.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Хархан добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность потомку человека по имени или прозвищу Хархан. Таким образом, потомок того, кого звали Хархан, со временем получил фамилию Харханов. Подобное переоформление восточных имён в русские фамилии было массовым явлением в XV–XVII веках, когда татарская и арабская знать входила в состав Московского государства.

Любопытно, что в написании фамилии закрепилась форма с начальным «Хар-», хотя в тюркских языках чаще встречается вариант «Кара-» (например, Караханов). Это может говорить о том, что носители фамилии обрусели давно и утратили первоначальное произношение, либо о влиянии арабского, где звук «к» передаётся иначе. Такая деталь делает фамилию Хархановых отличной от родственных Карахановых, хотя корень у них общий.

Безусловно, фамилия Харханов представляет собой замечательный памятник восточной культуры, но процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Харханов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, которые учитывали бы записи в метрических книгах, переписных листах и архивных документах конкретного региона.