Фамилия Харханов — редкий пример тюрко-арабского именования, которое закрепилось в русской фамильной модели. Разбираем её по частям. В основе лежит личное имя или прозвище Хархан, а оно, в свою очередь, сложено из двух элементов. Первый — «хара» или «кара» — восходит к тюркскому слову со значением «чёрный», но в переносном смысле — «злой», «грозный», «могучий». Второй элемент — общеизвестный титул «хан», то есть «повелитель», «монарх», «владыка». Получается двойное имя-титул: «Чёрный хан» или «Грозный повелитель».

Скорее всего, имя Хархан относилось к так называемым охранительным именованиям. В старину родители нередко давали детям имена с «тёмной» или пугающей окраской, чтобы отвести от младенца сглаз и злые силы. Считалось, что злые духи не тронут ребёнка, которого уже назвали «злым» или «грозным». Но при этом вкладывали в имя и пожелание: чтобы сын вырос справедливым, честным, уважаемым людьми и, возможно, добился власти, сравнимой с ханской. То есть имя одновременно и защищало, и программировало судьбу на успех.

Не исключено, что фамилия образована не от имени, а от прозвища Хархан, которое имело то же происхождение. Прозвище могли дать взрослому человеку — господину или предводителю, которого окружающие отличали за суровый, грозный нрав. Такой человек не терпел возражений, держал подчинённых в строгости и напоминал своим поведением восточного владыку. В этом случае прозвище подчёркивало не происхождение, а характер.

Суффикс -ов в фамилии указывает на стандартную русскую модель образования отчества или фамилии по отцу: Харханов — сын Хархана. Такая модель закрепилась за фамилией, когда она перешла в разряд наследственных, то есть потомки человека по имени или прозвищу Хархан со временем стали писаться Хархановыми.

В написании фамилии обращает на себя внимание первая буква: «Х» вместо более привычного «К» в слове «кара». Это результат фонетической адаптации: при заимствовании в русский язык тюркское «кара» в некоторых диалектах и говорах звучало как «хара», либо произошло смешение с арабским корнем. Так или иначе, фамилия сохранила то произношение, которое бытовало в конкретной семье или местности.

Фамилия редкая, в старинных боярских или дворянских родословных она не встречается. Скорее всего, её носили выходцы из татарской, башкирской или иной тюркоязычной среды, которые перешли в русскую культуру и приняли православие. Точных сведений о конкретном родоначальнике и географии распространения фамилии нет — это поле для самостоятельного генеалогического поиска.