Фамилия Харлакина — женская форма мужской фамилии Харлакин. В основе лежит имя или прозвище Харлака, которое, скорее всего, восходит к крестильному имени Харлампий. Это имя греческого происхождения, означающее «сияющий радостью», в народной традиции давало множество производных форм: Харлам, Харланя, Харлаха, Харлаша. Форма Харлака — одна из них, возникшая путём усечения и добавления типичного для обиходной речи суффикса -ак-.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Харлакин буквально значит «сын Харлаки» или «человек из семьи Харлаки». Такая модель образования (основа на -а, -я плюс -ин) типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. Географически Харлакины чаще встречаются в Поволжье и некоторых районах Сибири, куда переселенцы принесли эту фамилию в XVII–XIX веках.

Есть и менее вероятная версия: прозвище Харлака могло произойти от диалектного глагола «харлать» — кричать, шуметь, браниться. В таком случае фамилия закрепилась бы за человеком с громким голосом или неуживчивым характером. Однако связь с церковным именем Харлампий выглядит убедительнее: она объясняет и распространённость фамилии, и её звуковой облик, который легко встраивается в ряд однокоренных фамилий — Харламов, Харлачёв, Харлашкин.

В документах фамилия фиксируется с XVII века: в переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди Харлакины в Арзамасском и Нижегородском уездах. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена — её носители были в основном из крестьянской и мещанской среды. Ударение в фамилии вариативно: в центральных регионах чаще говорят Харлáкина, в южных и восточных — Харлакúна.