Мужское крестильное имя Харлампий в переводе с греческого означает «сияющий радостью». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Харламп. Одним из покровителей данного имени является Святой Харлампий. Он почитался в народе хранителем от внезапной смерти без покаяния, которая часто являлась следствием различных бедствий - мора, войн и т.п. Предположительно, основатель рода Харлампенковых был человеком из простого сословия. Со временем, вероятно, род Харлампенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Харламп, со временем получил фамилию Харлампенков.