Фамилия Харликов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с тюркским языком, а не со славянским корнем. В исконно русской лексике слова «харлик» нет, зато в тюркских наречиях близко звучащее «харлык» означает «бедность, нужда, скудость» или «бедняк». Отсюда и прозвище Харлык — человек, живущий в стеснённых обстоятельствах, либо, по контрасту, тот, кто получил такое имя в насмешку или как оберег. Позже, при русификации, тюркское «х» часто оставалось без изменений, а конечное «-ык» перешло в «-ик» под влиянием русских уменьшительных форм.

Модель образования проста: основа Харлик (адаптированная форма) плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Харлика». Фамилия относится к типичным для XVI–XVII веков, когда в южнорусских и поволжских землях оседали выходцы из Орды и Казанского ханства. Географически Харликовы встречаются в основном в Поволжье, на Урале и в Сибири — там, где исторически сильны тюркские влияния. В старых переписных книгах эта фамилия не частотна, что говорит о её локальном бытовании.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «харлить» — «кричать, шуметь, браниться». В этом случае Харлик — прозвище крикливого, скандального человека. Однако подобные глагольные формы редки, и тюркское происхождение выглядит убедительнее, особенно если учесть, что фамилия не имеет параллелей среди массовых русских прозвищ на -ик, образованных от славянских корней.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в среде крестьян и служилых людей, а не в высших сословиях, где преобладали фамилии на -ский. Носители Харликовых — потомки тех, кто носил необычное прозвище, скорее всего, в пограничных с тюркским миром регионах, и сохранили его в неизменном виде до наших дней.