Фамилия Харлушин — яркий пример того, как за привычным «крестьянским» суффиксом -ин скрывается имя, которое редко встретишь в святцах. Она образована от крестильного имени Харлампий, но через его народную, усечённую форму — Харлуша. Механизм простой: в быту длинное греческое имя сокращали, добавляли ласкательный суффикс -уш(а), а потом от этого прозвища сделали фамилию. Так Харлуша стал Харлушиным — чей? сын Харлуши.

Греческое имя Харлампий (Χαράλαμπος) означает «светящийся радостью». В народной среде оно быстро обрастало вариантами: Харлам, Харланя, Харлаха, Харлуша. Последняя форма — самая компактная и типичная для северных и центральных говоров, где любили «ужать» имя до одного-двух слогов. Фамилия на -ин указывает на принадлежность к роду: в русской традиции так называли «детей» или «людей» человека по имени Харлуша.

Интересно, что фамилия практически не имеет вариантов с суффиксом -ов (Харлушов), хотя в южных регионах такое могло бы возникнуть. Это косвенно указывает на область бытования: преимущественно север и северо-восток европейской части России, где -ин — господствующая модель. Встречается фамилия и у староверов, которые нередко сохраняли архаичные формы имён.

В ономастических словарях (например, в работах В. А. Никонова) Харлушин не упоминается как отдельная статья, но типологически он вписывается в ряд фамилий от уменьшительных форм канонических имён — таких как Харламов, Харлашин, Харлашкин. Разница между ними — в суффиксе народной формы: Харламов от Харлам, Харлушин от Харлуша.

Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, которого в документах записали по отцу — Харлуше. Никакой тайны или знатного происхождения: обычная русская фамилия, в основе которой лежит имя, подаренное при крещении, но перекроенное на свой лад.