Фамилия Харлушина — женская форма, а её мужской вариант Харлушин. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «-ин»: суффикс указывал на принадлежность к главе семьи. Ударение в мужском варианте чаще всего падает на второй слог: Харлýшин.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Харлуша. В русской ономастике это уменьшительная форма от крестильного имени Харлампий (греч. «сияющий радостью»). В народе имя быстро обросло обиходными вариантами: Харлам, Харлан, Харланя, Харлуша. Суффикс «-уша» характерен для северных и поморских говоров, где так образовывали ласкательные имена (Ванюша, Петруша, Харлуша).

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В диалектах русского Севера и Урала слово «харлус» или «харлуз» означало «хариус» — рыбу из семейства лососёвых. Прозвище Харлуша могли дать рыбаку или человеку с «рыбьей» внешностью (например, с большими глазами или скользким, увертливым характером). Эта версия объясняет, почему фамилия встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и Пермском крае — регионах, где хариус был промысловой рыбой.

В документах фамилия фиксируется с XVII века. В переписных книгах Устюга Великого за 1678 год упоминается крестьянин Харлушка Офонасьев — вероятно, один из ранних носителей прозвания. Позже, в XIX веке, Харлушины записаны среди государственных крестьян Олонецкой и Вятской губерний. Дворянских родов с такой фамилией нет, что указывает на однозначно крестьянское или посадское происхождение.

Любопытная деталь: в современной России фамилия остаётся редкой. По данным переписи 2010 года, Харлушиных насчитывается чуть более тысячи человек, причём половина живёт в Пермском крае и соседней Удмуртии. Это подтверждает географическую привязку к Прикамью, где смешались северорусские переселенцы и местные финно-угорские народы.

Таким образом, Харлушина — фамилия с двойным дном: за ней может стоять либо церковное имя с крестьянским «обрубком», либо прозвище рыбака с севера. Обе версии ведут в одни и те же края — Русский Север и Урал, где фамилия и закрепилась.