Фамилия Харнаныкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а прозвище, искажённое до неузнаваемости. Чтобы понять её, надо разобрать слово по частям, отбросив привычные шаблоны.

Начнём с конца. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Харнаныкин, то есть сын или потомок Харнаныки. Это типичная русская модель для фамилий, образованных от прозвищ и имён на -а, -я. А вот основа — Харнанык — куда интереснее. Она звучит как вариант тюркского имени или прозвища, но с русским суффиксом -ык, который в северных и вологодских говорах часто придавал слову уменьшительно-пренебрежительный оттенок (сравните: парень — парнык, дурак — дуранык). Получается, что Харнанык — это «маленький Харнаня» или «Харнаня с оттенком чего-то своего».

Кто же такой Харнаня? Тут возможны две версии. Первая: это искажённое тюркское имя Харна, которое могло означать «несущий свет» или быть вариантом имени Карна (встречается у татар и башкир). Вторая версия, более правдоподобная для русского быта: Харнаня — это прозвище от глагола «харнать» (в диалектах — «бранить», «ругать», «ворчать»). В архангельских и вятских говорах «харнать» означало «сквернословить» или «кашлять с хрипом». Тогда Харнаня — ворчливый, хриплый человек, а Харнанык — его сын или малый тезка.

Фамилия практически не встречается за пределами нескольких районов Кировской области и Удмуртии. Это указывает на то, что она возникла в среде государственных крестьян Вятской губернии, где диалектная речь была особенно богата. Никаких дворянских родов или известных исторических личностей с такой фамилией нет — это чисто крестьянское, «уличное» прозвище, которое закрепилось в документах при переписях XIX века.

Сравните с однокоренными: Харнаев, Харначёв — они тоже редки и тяготеют к тому же региону. Но суффикс -ыкин делает Харнаныкина более «домашним», словно фамилию дали не по отцу, а по деду, которого в деревне все знали как Харнаныка. Сегодня носители фамилии живут в основном в России, но из-за редкости её часто путают с Харланыкиным или Харнаковым — это ошибка, корни разные.