Фамилия Хананыкин образована по той же модели, что и множество других русских фамилий: от личного прозвища или имени, которое затем получило притяжательный суффикс. В основе лежит имя Хананыка — так в народе могли называть человека, носившего крестильное имя Ханания (от древнееврейского «ханнан» — «Бог явил милость»). Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -ык-, а затем и фамильный суффикс -ин и дали современное звучание. То есть Хананыкин буквально означает «сын (потомок) Хананыки».

Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого. В случае с Хананыкиным мы видим редкий для русского уха корень: имя Ханания в народной среде почти не прижилось, поэтому и фамилия встречается нечасто. Куда привычнее её «родственники» — Ананьин, Анашкин, Анохин, которые тоже восходят к этому библейскому имени, но через другие уменьшительные формы.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: он присоединялся к основам на -а/-я, и здесь он работает с прозвищем Хананыка. Такая модель типична для северорусских и центральнорусских говоров, где имена с уменьшительным -ык- были особенно употребительны. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в документах крестьян и мещан, что говорит о её «низовом» происхождении — без дворянских притязаний, зато с живой связью с народной речью.

Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Ханáныкин, хотя в некоторых местных традициях можно услышать и иной вариант. Сама фамилия — редкая, и это делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если вы Хананыкин, ваши предки почти наверняка происходят из одного компактного региона, где это имя когда-то дали одному человеку, а уже потом оно разошлось по потомкам.