Фамилия Харнаныкина — женская форма, мужской вариант — Харнаныкин. В ней сразу заметна редкость: корень не бросается в глаза, а суффиксальная цепочка -ыкин указывает на нестандартную модель образования. Чтобы понять происхождение, нужно отбросить окончание и посмотреть на основу.

Словообразовательная модель здесь — от прозвища или имени, оканчивающегося на -ыня, с добавлением суффикса -кин. Это типичный «матронимический» или «прозвищный» суффикс, характерный для северных и центральных регионов России (например, Иваныкин, Фоминыкин). Основа «Харнанык-» восходит к прозвищу Харнаныка, которое, в свою очередь, образовано от «Харнаня» или «Харнана». Что могло значить это слово?

Скорее всего, корень связан с диалектным или устаревшим словом «харна» — в некоторых говорах так называли неопрятного, грязного человека или того, кто ходит в рваной одежде. Суффикс -ань-/-аня- часто придаёт прозвищу ласкательно-уничижительный оттенок: Харнаня — «грязнуля», «оборванец». Вторая версия, менее вероятная, — от имени Харлампий (в просторечии Харлам, Харланя), но тогда фамилия писалась бы Харлампикин или Харланькин, а не Харнаныкин. Звуковой переход «м» в «н» в этом случае маловероятен.

Географически фамилия тяготеет к северным и северо-восточным областям России, где суффикс -ыкин встречается чаще всего. В списках переписей или метрических книг XIX века носители могли быть крестьянами или мещанами — фамилии такого типа редко встречались у дворянства. Редкость фамилии подсказывает, что её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы, возможно, из нескольких соседних деревень.

Таким образом, предок по мужской линии, вероятно, носил прозвище Харнаныка (от «харна» — грязный, неопрятный) или был сыном человека по прозвищу Харнаня. Фамилия не имеет отношения к иностранным языкам — это чисто русская диалектная основа, которая со временем закрепилась в официальном документообороте.