Фамилия Харпаева — яркий пример того, как за привычным русским окончанием может скрываться нерусская основа. Женская форма Харпаева образована от мужской Харпаев, а та, в свою очередь, — от прозвища или имени Харпай. Ключ к разгадке — суффикс -ай, который в русских фамилиях встречается нечасто, но типичен для тюркских языков, где он часто образует имена и прозвища (сравните с фамилиями Басаев, Кудаев, Мамаев).

Самая вероятная версия связывает основу «Харп-» с тюркским корнем, означающим «бить», «ударять» или «хватать». В таком случае Харпай — это прозвище сильного, хваткого человека, возможно, борца или воина. В некоторых тюркских диалектах «харп» может означать и «ястреб» или «хищная птица» — тогда прозвище носило тотемный или охранительный характер. Менее убедительна гипотеза о связи с калмыцким словом «харп» (ружье) — фамилия могла бы указывать на охотника или стрелка, но эта версия требует более узкой региональной привязки.

Географически фамилия Харпаева тяготеет к регионам с сильным тюркским или кавказским влиянием — её можно встретить в Дагестане, Чечне, а также среди калмыков и астраханских татар. Русская модель оформления (суффикс -ев) говорит о том, что носители фамилии давно и прочно вошли в русскоязычную среду, но сохранили память о тюркском прозвище предка. Сословная принадлежность предков не восстанавливается по самой фамилии — Харпаевы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (например, казаками) в южных степных окраинах России.