Фамилия Хартунян — армянская по происхождению, и это видно сразу по её окончанию. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый патронимический формант в армянской ономастике. Он означает «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок такого-то». Соответственно, Хартунян — это «потомок Хартуна».

В основе фамилии лежит личное имя Хартун. Это имя, в свою очередь, восходит к арабскому корню «хатун», который в тюркских и иранских языках означает «госпожа», «знатная женщина». Однако в армянской среде имя Хартун стало мужским. Такое переосмысление встречается: слово, обозначавшее высокий социальный статус, переходило в личное имя, а затем и в фамилию, теряя изначальную гендерную привязку. Можно провести параллель с русскими фамилиями от имени Боярин — тоже социальный термин стал личным именем.

Модель образования фамилии проста и типична для Западной Армении и диаспоры. Суффикс -ян здесь выполняет ту же роль, что и русские -ов / -ев или -ин. Если бы фамилия оформлялась по русской модели, она звучала бы как Хартунов. Но армянская система сохранила свою грамматику: сначала идёт корень (имя предка), затем родовой суффикс.

Географически фамилия Хартунян чаще всего встречается среди потомков выходцев из Западной Армении (исторические области в составе современной Турции) и армянской диаспоры — в России, США, Франции, Ливане. В самой Армении она тоже есть, но реже, чем, скажем, фамилии на -янц, характерные для восточных областей. Сословной привязки у фамилии нет: имя Хартун не было княжеским или исключительно крестьянским, поэтому предки могли быть и ремесленниками, и торговцами, и крестьянами. Единственное, что можно сказать с уверенностью: основатель рода носил имя, которое в момент его получения звучало как комплимент — «знатный», «господин».