Основой фамилии Хартукова послужило церковное имя Хартий. Имя Хартук является производной формой крестильного имени Хартий, которое происходит из греческого языка, где имеет значение «благодатный, радостный». В истории православной религии известен святой мученик Хартий. Скорее всего, основатель рода Хартуковых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хартук, со временем получил фамилию Хартуков.