Фамилия Хайбуин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она явно не входит в список распространённых русских фамилий на -ов, -ев или -ин, образованных от крестильных имён. Чтобы понять её корни, нужно смотреть в сторону тюркских языков, а точнее — в сторону татарского или башкирского именника.

Основа фамилии — мужское имя Хайбуй (или Хайбуй). Это сложносоставное имя, где первая часть «хай» (от арабского «хайй» — живой, живущий) — распространённый компонент в мусульманских именах (ср. Хайдар, Хайрулла). Вторая часть «буй» может восходить к тюркскому «буй» — рост, стать, фигура, или же к «буй» в значении «богатство, изобилие» (в некоторых диалектах). Таким образом, имя Хайбуй могло означать «живущий в достатке» или «обладающий статью». Суффикс -ин в данном случае — русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Хайбуин, то есть «сын (или потомок) Хайбуя».

Географически фамилия Хайбуин, скорее всего, привязана к регионам с традиционно смешанным русско-тюркским населением: Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Оренбуржье, возможно, Западная Сибирь. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном бытовании, возможно, в пределах одного села или небольшой группы поселений.

Интересная особенность: по модели образования фамилия Хайбуин напоминает такие тюрко-русские фамилии, как Ахметшин, Хайруллин, но с той разницей, что в них суффикс -ин присоединяется к арабскому имени через тюркский патронимический суффикс (-шин, -уллин). Здесь же суффикс -ин стоит непосредственно после основы имени, что может указывать на более раннюю русификацию или на то, что имя Хайбуй воспринималось как уже адаптированное.

Сословно предки носителя фамилии могли быть государственными крестьянами, ясачными людьми (платившими подать пушниной) или служилыми татарами. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, что косвенно подтверждает её простонародное происхождение. В современной России фамилия настолько редка, что её носители, скорее всего, являются потомками одного-двух родоначальников, живших в определённой местности.