Фамилия Хайханов — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими или кавказскими языками. Основа «Хайхан» не имеет славянских корней, и это сразу отсекает версию о происхождении от русского имени или прозвища. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, характерную для многих народов Российской империи: к тюркскому имени или прозвищу добавили русский патронимический суффикс, означающий принадлежность роду.

Самая правдоподобная версия — фамилия восходит к двукоренному тюркскому имени или прозвищу. Первая часть «Хай» может означать «жизнь» или «живи» (от арабского «хайй» через тюркское посредничество), вторая часть «хан» — титул правителя или уважаемого человека. Таким образом, «Хайхан» могло означать «живущий как хан», «здоровый, как хан» или быть пожелательным именем с надеждой на долгую и достойную жизнь. Встречается и более прозаичная версия: в некоторых тюркских языках «хай» — это крик, шум, тогда «Хайхан» могло быть прозвищем крикливого или шумного человека, но это менее вероятно.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением — Татарстан, Башкортостан, Кавказ. Встречается среди кумыков, ногайцев, азербайджанцев. В русских документах XIX века носители фамилии фиксировались в Дагестанской области и на Северном Кавказе. Встречается вариант написания Хайканов — с заменой «х» на «к» при адаптации к русской графике, что типично для некоторых диалектов.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству: её носители были, скорее всего, крестьянами или горскими общинниками. Известных публичных личностей с фамилией Хайханов в общероссийском масштабе нет, что подтверждает её локальный характер. Словари фамилий (например, работы Б. Унбегауна) её не фиксируют — это признак того, что фамилия возникла не в центральной России, а на окраинах империи, где русская модель оформления накладывалась на местные имена.