Фамилия Хайсаков звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. В её основе лежит прозвище или именование Хайсак, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: так называли сына, внука или человека из рода Хайсаков. Но что скрывалось за самим словом «хайсак»? Самая вероятная версия связывает его с этнонимом «казак», точнее, с его тюркской или арабской формой, искажённой в народном произношении.

В старину хайсаками в южнорусских говорах действительно могли называть казаков, а иногда и казахов. Сами казаки — явление сложное: к концу XIV века сложились две крупные общности в низовьях Дона и Днепра. По одной из теорий, их предками были православные потомки хазар, которые легко уживались с переселенцами из Руси, Литвы и Украины. К началу XVI века эти группы выросли в вольные войска. Донские казаки осваивали окраины государства, заселили низовья Волги, Яика и Терека, ушли в Сибирь, а днепровские образовали Запорожскую Сечь. Этноним «казак» почти наверняка тюркского корня: у арабов это «всадник, борец за веру», у монголов — «свободный воин, страж», у тюрков — «бездомный скиталец, изгнанник». Если именование Хайсак закрепилось за человеком, оно могло указывать на его этническую принадлежность или род занятий — службу в казачьем войске.

Есть и другая, менее очевидная версия. Хайсак может быть вариантом личного имени Хайс, которое восходит к средневековому германскому Хайдрих, то есть Генрих. Это имя сложилось из древнегерманских heim («дом») и ric («король»), и в таком случае фамилия получила бы совсем иную, западноевропейскую родословную. Но эта гипотеза слабее: слишком далеко от тюркской степной традиции, где такое именование звучало бы естественнее. Скорее всего, предок носителя фамилии жил в казачьей среде или на пограничных территориях, где смешивались славянские и тюркские языки, а его прозвище закрепилось за потомками как родовое имя.