Фамилия Херувин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а напрямую религиозное понятие. Она образована от слова «херувим» — ангельского чина, стоящего в небесной иерархии выше серафимов. Такие «ангельские» фамилии (Серафимов, Ангелов, Архангельский) в России давали почти исключительно в духовной среде. Однако Херувин стоит особняком: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть буквально «сын херувима» или «человек херувима». Это не могло быть бытовым прозвищем — слишком сакрально.

Скорее всего, фамилию получил воспитанник духовной семинарии или академии. В семинариях XVIII–XIX веков была традиция давать «искусственные» фамилии, часто возвышенные, на греческий или латинский лад. Херувин — типичный пример такой «благозвучной» фамилии, которую могли присвоить ученику при поступлении вместо его прежней, простой (вроде Иванов или Попов). Иногда фамилию давали по названию храма или иконы, но «Херувимская» — это название молитвы, а не церкви, так что версия с семинарией выглядит убедительнее.

В отличие от фамилии Херувимов (с суффиксом -ов, тоже возможной), форма на -ин встречается реже и звучит архаичнее. Встречаются единичные носители, в основном в центральной России и на юге, но фамилия остаётся крайне малочисленной. География не помогает уточнить происхождение: семинаристы разъезжались по всей стране.

Интересная деталь: в XIX веке фамилию могли записать и как Херувинъ, и как Херувимов, путая суффиксы. В современных справочниках (например, у Б. Унбегауна) она упоминается в разделе фамилий духовенства, но без подробностей — настолько она редка. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка был либо священником, либо учителем церковно-приходской школы, либо выходцем из семьи, где кто-то учился в семинарии.