В основе фамилии Хейнонен лежит мужское имя Хейно, которое представляет собой финский вариант нормандского имени Хамо и восходит к германскому корню heim – «дом». Также не исключено, что фамилия Хейнонен образована от финского слова «хейня» со значением «трава, сено». Также весьма характерным для финских фамилий является элемент –лайнен/–ляйнен: этот суффикс означает «похожий на что-либо, подобный чему-либо» или же «принадлежащий какой-либо народности», «происходящий из какой-либо местности».