Фамилия Химонина — женская форма мужской фамилии Химонин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Химоня. Чтобы понять, откуда оно взялось, нужно разобраться с корнем.

Скорее всего, Химоня — это производная форма от имени Хима. А Хима, в свою очередь, — сокращение от крестильного имени Евфимий (в просторечии Ефим). В русских говорах имя Ефим часто звучало как Хима, а уменьшительно-ласкательные формы давали цепочку: Хима → Химоня → Химонин. Суффикс -оня характерен для северных и северо-восточных говоров (как, например, Семён → Семоня). Таким образом, Химонины — это потомки человека, которого в быту звали Химоней, то есть Ефимом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «химать» (вянуть, чахнуть) или «химный» (хилый, болезненный). В этом случае Химоня могло быть прозвищем слабого или часто болевшего человека. Однако прозвища от глаголов с таким суффиксом встречаются реже, чем уменьшительные формы имён.

Фамилия Химонина — сравнительно редкая. Её география указывает на северные и центральные регионы России: Вологодскую, Костромскую, Кировскую области. Это подтверждает версию о северном происхождении суффикса. Встречаются также написания Химонины и Хамоня (с ударением на второй слог), но последнее может быть самостоятельной фамилией от другого имени.

Сословная принадлежность у Химониных не закреплена: фамилия встречалась и среди крестьян, и среди мещан. Как и большинство русских фамилий на -ин, она закрепилась после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным массово давали фамилии по имени или прозвищу отца.