Фамилия Хижкин принадлежит к типичной русской модели фамилий на -ин, которые образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае это прозвище или нецерковное имя Хижка. Корень здесь — «хиж-», который в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут в одну смысловую область, связанную с домом и хозяйством.

Первое и самое вероятное значение — от слова «хижа», то есть хижина, небольшой бедный дом, шалаш или землянка. В северных и сибирских говорах «хижа» могла означать также клеть, чулан или даже кухню, отдельную от избы. Соответственно, Хижкой в народе могли прозвать человека, который жил в такой избе, строил их или был хозяином скромного жилья. Прозвище давали не в укор, а скорее по месту жительства или роду занятий — плотника, строителя. В этом случае фамилия Хижкин — «сын Хижки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Второе, более редкое значение корня — от диалектного глагола «хижить» или «хизить», что значит хворать, болеть, чахнуть. В некоторых областях «хижой» называли болезненного, слабого человека. Однако эта версия менее убедительна: прозвища по болезни давали реже, чем по дому или занятию, и они обычно звучали иначе (Хилой, Немочь). К тому же слово «хижа» в значении «жильё» гораздо шире распространено в русских говорах.

Фамилия Хижкин встречается нечасто, но имеет устойчивую географию. Основные очаги — северные и центральные области России: Архангельская, Вологодская, Костромская области, а также Поволжье. В этих краях слово «хижа» было в ходу, а прозвища на -ка (Хижка) типичны для бытовой ономастики. Судя по суффиксу -ин, фамилия оформилась довольно рано, не позднее XVII века, когда модель отыменных фамилий на -ин уже была продуктивной.

Однокоренные фамилии — Хижин, Хижняков, Хижняк (последняя особенно распространена на Украине и юге России, где «хижа» означает «хата»). Хижкин стоит в этом ряду особняком: она не от «хижины» напрямую, а от уменьшительно-бытовой формы, что выдает её севернорусское происхождение. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных имен, Хижкин — потомок прозвищного имени, что делает её «живой» и конкретной: предок был не просто владельцем хижины, а именно Хижкой, то есть человеком, с которым это прозвище срослось в быту.