Фамилия Хлапушина образована от прозвища Хлапуш — так могли называть человека с громким, резким голосом или хлопающей походкой. Корень «хлап-» родствен диалектным словам «хлапать» (хлопать, шлёпать) и «хлапушка» (хлопушка, трещотка). В некоторых говорах «хлапун» означало болтуна или пустомелю — того, кто «хлопает языком». Прозвище могло закрепиться за шумным, суетливым или просто физически крупным человеком, чьи шаги или действия сопровождались хлопками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хлапушин — «сын Хлапуши» или «из семьи Хлапуши». Такая модель типична для северных и центральных русских регионов, где фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я. Встречаются однокоренные фамилии Хлапушкин, Хлапунов, а также вариант Хлопушин — с более прозрачной связью с общеупотребительным «хлопушка».

Географически фамилия редкая, но фиксируется в основном в Поволжье и на Урале — в зоне, где диалектная лексика сохраняла древние звуковые формы. В переписях XIX века носители фамилии Хлапушины нередко числились государственными крестьянами или мастеровыми — прозвище могло перейти в фамилию у ремесленников, работавших с хлопающими механизмами (кузнецов, мельников).

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с тюркским «хлап» (слабый, хилый) — но в русском контексте такое заимствование не подтверждается источниками. Скорее всего, перед нами чисто звукоподражательное прозвище, каких много в русской ономастике.