Фамилия Ходановский — типичный пример фамилии, образованной по польско-украинской модели с суффиксом -ский. Такие фамилии в XVII–XIX веках чаще всего носили представители шляхты, духовенства или зажиточные крестьяне, которые получали фамилию по названию местечка или усадьбы. В основе фамилии лежит топоним Ходанов (или Ходаново) — такие названия встречаются в Беларуси и на западе Украины. Населённый пункт Ходанов существует, например, в Житомирской области, а деревня Ходаново есть в Беларуси. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был выходцем из этого села или владел там землёй.

Корень Ходан- восходит к личному имени или прозвищу Ходан. В древнерусской и украинской традиции Ходан — это уменьшительная форма от имён Ходор (народный вариант Феодора) или от прозвища, связанного с глаголом «ходить». Человек по прозвищу Ходан мог быть ходоком, скороходом или странником. В некоторых говорах «ходан» означало ещё и «проситель», «нищий», но для фамилии эта версия менее вероятна — обычно прозвища с таким оттенком давали неосновным членам семьи, а фамилия закрепилась за родом, владевшим землёй.

Модель образования типична для восточнославянской ономастики: основа (Ходан) + суффикс принадлежности -ов- + топонимический суффикс -ский. Буквально фамилия означает «принадлежащий к Ходанову» или «выходец из Ходанова». В отличие от простых фамилий на -ов (Ходанов), вариант с -ский указывал на более высокий социальный статус или на происхождение из конкретной местности, а не от личного прозвища.

В польском написании фамилия выглядит как Chodanowski, и в таком виде она встречается в документах Речи Посполитой. После разделов Польши и вхождения западнорусских земель в состав Российской империи многие носители сохранили написание через «Х», но ударение в русском языке обычно падает на третий слог — Ходано́вский. Иногда фамилию путают с однокоренной Ходанович, но суффикс -ович указывает на отчество («сын Ходана»), а -ский — на территориальную принадлежность.