Фамилия Ходобина — женская форма фамилии Ходобин. В основе лежит прозвище Ходоба, которое, скорее всего, происходит от глагола «ходить». В русских говорах «ходоба» — это не только ходьба, но и человек, который много ходит, странник, бродяга, а также непоседа, неусидчивый работник. В некоторых диалектах слово имело значение «тяжёлая походка» или «походка вразвалку». Таким образом, фамилия могла закрепиться за тем, кто много путешествовал, постоянно был в движении, либо за человеком с характерной, заметной походкой.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Первоначально Ходобина — «дочь (или жена) Ходобы». Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий не встречается, что говорит о её локальном происхождении.

Интересно, что корень «ход-» породил множество однокоренных фамилий: Ходов, Ходоров, Ходнев, Ходяков, Ходунков. Но форма Ходобин стоит особняком. В отличие от более распространённых вариантов, где основа — имя Ходор (от Феодор) или просто глагол «ходить», здесь мы видим редкую основу «ходоба». Это слово почти вышло из употребления, и фамилия сохранила его в застывшем виде.

Версия о связи с личным именем маловероятна: в святцах и древнерусских именах «Ходоба» не встречается. Также не стоит путать с фамилией Ходобин, образованной от украинского «ходоба» — «ходьба»; в русском контексте это именно прозвище по поведению или профессии. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо странником, либо человеком, которого в округе знали как неутомимого ходока.