Фамилия Холдобина, скорее всего, образована от прозвища Холдоба. В русских говорах слово «холдоба» означало «бедность, нищета, голь». Соответственно, прозвище могли дать человеку неимущему, бедняку. Такая мотивация характерна для многих русских фамилий, образованных от социальных характеристик: Бедняков, Голяков, Нищих. Прозвище могло быть ироничным — его давали не бедному, а, наоборот, скупому или прижимистому человеку, который «живет как бедняк», имея достаток.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Холдобина — буквально «жена или дочь Холдобы». В русской традиции фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я, что и подтверждается формой Холдоба.

Интересно, что фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Липецкой областях. Это указывает на её диалектное происхождение: слово «холдоба» было распространено именно в южновеликорусских говорах. В северных говорах для обозначения бедности использовали другие корни, например, «голь» или «нищета».

Не стоит путать эту фамилию с внешне похожей Холодилина или Холодова — они образованы от других основ (холод, холодный) и не имеют отношения к социальному положению. Фамилия Холдобина редкая, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской среды, где подобные прозвища давали без обиняков, прямо указывая на имущественное положение семьи.